Вступление России в войну принесло евреям новые бедствия. Тысячи были уничтожены русскими войсками и казаками, многие — уведены в плен в Россию. Евреи Великой и Малой Польши также пострадали во время польско-шведской войны (1656–60). Обвиненные поляками в поддержке шведских оккупантов, целые общины подвергались жестоким избиениям солдатами польских отрядов коронного гетмана С. Чарнецкого. В еврейских летописях С. Чарнецкого вспоминали с тем же ужасом, что и Б. Хмельницкого, называя его «злодеем» и «палачом» Великой Польши. События этих лет нанесли польскому еврейству удар, от которого оно долго не могло оправиться. Источники называют разное число погибших, но, видимо, общие потери еврейского населения за эти годы составили около 100 тыс. человек. Если раньше поток еврейской эмиграции шел из Западной Европы в Польшу, то теперь евреи массами бежали в Германию, Нидерланды, Чехию. На левобережной Украине, отошедшей в 1667 г. к России, вообще не осталось евреев. В городах и местечках Волыни оставались целыми по несколько еврейских домов; в некоторых местах все было разрушено. Десятки тысяч людей лишились всех средств существования. Огромный урон был нанесен еврейской духовной жизни, в полнейший упадок пришло также и еврейское самоуправление. В течение многих лет иешивы не работали, так как большинство преподавателей и учеников были убиты. Когда иешивы вновь открылись, они уже не смогли достичь прежнего уровня. Известные раввины, спасшиеся бегством в Западную Европу, вскоре стали преподавать там. Центр еврейской учености переместился на Запад.

Во второй половине 17 в. началось частичное возрождение польского еврейства. В 1660-х гг. Ва‘ад четырех земель энергично восстанавливал общины и старался укрепить правовой и социальный статус евреев. Ва‘ад собирал деньги для помощи пострадавшим, принял постановление, разрешавшее женам пропавших без вести мужей выйти замуж (см. Агуна; Брак). Ян Казимир (1648–68) по просьбе Ва‘ада разрешил евреям, насильно обращенным в православие, вернуться в иудаизм. Большую помощь беженцам оказали общины Литвы, пострадавшей в эти годы меньше, чем Польша и Украина.

В 1660–90-х гг. положение евреев, находившихся под юрисдикцией польской короны, несколько улучшилось. Ян Казимир разрешил им торговать в дни христианских праздников, дал привилегии ряду общин, в том числе краковской. Король Михаил Вишневецкий (1669–73) подтвердил на коронационном сейме привилегии как генерального статута польских евреев (14 в.), так и 17 добавочных статей, пожалованных королями в 16–17 вв., по которым убийство еврея наказывалось смертной казнью и конфискацией имущества убийцы, а в случае антиеврейских беспорядков на муниципалитет налагался штраф. Евреям предоставлялись равные с христианами экономические права (в частности, они могли свободно заниматься любыми ремеслами). В дни христианских праздников евреям разрешалось торговать и выезжать из города. Ян III Собеский (1674–96) подтвердил установленные ранее привилегии евреев и дал некоторым общинам новые.

Однако королевские указы часто блокировались сеймом. Так, Варшавский сейм 1670 г. установил для евреев-заимодавцев предельный процент, запретил евреям держать христианских слуг и выходить на улицу во время церковных праздников. Тем самым фактически были отменены привилегии, данные евреям М. Вишневецким. Продолжалась клерикальная антиеврейская агитация. Под ее воздействием городская чернь совместно с учениками иезуитских школ устраивала погромы (Львов, 1664; Познань, 1687). Против евреев неоднократно выдвигались обвинения в ритуальных убийствах (например, сандомирский кровавый навет 1690 г., поддержанный высшим польским духовенством).

Положение широких слоев еврейского населения было крайне тяжелым, общины брали в долг под большие проценты у дворян и монастырей. Ва‘ад, чтобы платить проценты, был вынужден прибегать к новым займам. Познанский кагал задолжал к началу 18 в. 400 тыс. злотых, а долги Ва‘ада четырех земель составляли около трех млн. злотых. Депутаты на сеймах говорили, что евреев придется терпеть в стране хотя бы потому, что никто не захочет потерять данные взаймы деньги. Еврейские общины так остро нуждались в средствах, что брали взаймы на любых условиях. В 1666 г. Ва‘ад четырех земель согласился с тем, что в случае неуплаты долга можно будет любого еврея короны преследовать, арестовывать и сажать в тюрьму, пока долг не будет уплачен.

Чтобы избежать обвинений антисемитов в угнетении евреями христиан, а также добиться единства в выплате долгов и налогов, Ва‘ад четырех земель выпустил в 1676 г. воззвание, обращенное к общинам. В нем он потребовал от всех евреев беспрекословно подчиняться своим кагалам, запретил брать на откуп государственные доходы, арендовать шляхетские имения, вступать в коммерческие сотоварищества с неевреями без разрешения кагала, прибегать к содействию властей для достижения целей, вредных еврейскому обществу. Но подобные обращения мало помогали, и в 1687 г. «еврейские коронные старшины» были вынуждены от имени Ва‘ада четырех земель заявить Яну Собескому, что они не в состоянии отвечать за правильное поступление еврейской поголовной подати, так как отдельные лица уклоняются от взноса, прикрываясь протекцией панов и даже королевской канцелярии. Иногда кагалы, нуждаясь срочно в деньгах, освобождали от будущих выплат состоятельных членов общины за единовременный крупный денежный взнос, но эти деньги уходили на уплату срочных долгов, а вся тяжесть текущего налогового обложения ложилась на рядовых членов общины. Это вызывало недовольство, и прежнее уважение к кагальным старшинам сменилось неприязнью и открытой враждой. Внутренняя борьба усиливалась. Многочисленные долги, нищета вынуждали евреев все время заниматься поиском новых источников существования. Во второй половине 17 в. одной из основных отраслей еврейской торговли стало шинкарство (см. Спиртные напитки). Евреи-шинкари арендовали виноторговлю у шляхты, имевшей с 16 в. монополию на этот промысел, и были полностью зависимы от ее произвола.

Тяготы жизни польских евреев способствовали распространению мистических настроений. Саббатианство нашло в Польше много сторонников. Когда лжемессия Саббатай Цви принял ислам, большинство из них покинуло его, но тайные кружки саббатианцев продолжали действовать.