Мрачные условия существования евреев в средние века совершенно лишили Йом-Кипур его прежнего светлого и жизнерадостного характера. Он мало помалу обратился исключительно в день плача и покаяния, отвечая душевным потребностям народа, который обставлял его новыми обрядами и обычаями, большей частью мистического и мрачно-торжественного характера. В ответах гаонов имеется много таких случаев, когда к гаонам обращались с запросами по поводу различных обычаев в Йом-Кипур, и они отвечали, что совершенно не знают, откуда и как распространялись подобные обычаи, а против некоторых они прямо протестовали. Но народ в данном случае не считался со своими учителями, и последним приходилось только мириться с нарождавшимся обычаем и искать ему хоть некоторое теоретическое оправдание. Особенно торжественный характер придается в это время кануну Йом-Кипур. Много обычаев этого дня были совершенно неизвестны во времена Талмуда и возникли в эпоху гаонов и позже. Одним из подобных обычаев нужно считать "каппарот". Обачай сразу возбудил против себя протест со стороны гаонов. Народ видел в этом обряде символ прощения грехов и перенесения заслуженной человеком кары на животное. Петух считался для этого символом наиболее подходящим. Зарезанная птица отдавалась бедным. В XV и XVI веках под влиянием мистицизма обычай принял более грубый характер, приблизившись в представлении народном к жертвоприношению. Но в более позднее время он вытесняется из народного обихода, заменяясь, по настоянию авторитетных раввинов, щедрой благотворительностью в канун Йом-Кипура.
    И в настоящее время в канун Йом-Кипура во многих общинах соблюдают древний обычай "каппарот" - "искупления", "очищения". Глава семьи берет петуха для мужчины и курицу для женщины, несколько раз крутит птицей над головой каждого из членов семьи и говорит: "Это - замена мне, это - вместо меня, это - выкуп мой. Этот петух (эта курица) будет умерщвлен (умерщвлена), а я удостоюсь долгих и хороших лет жизни в мире!"
    Сегодня принято отдавать петуха, используемого во время обряда "каппарот", беднякам или отдавать им его стоимость. В последнее время все большее распространение получает обычай исполнять обряд "каппарот" при помощи денег, которые затем отдают на благотворительные цели.
    К народным обычаям позднейшего происхождения, с целью вызвать соответствующее настроение в Йом-Кипур, нужно отнести "бичевание" и зажигание свечей в синагоге в память усопших родителей, которые должны гореть целые сутки до исхода Йом-Кипура. Внушительное зрелище представлял собой обряд "бичевания" в канун Йом-Кипура, когда старцы и все почтенные прихожане опускались на землю в присутствии всей общины, и синагогальный служка наносил им 39 ударов ремнем по плечу. Бичуемый в это время исповедывался в грехах. Обряд зажигания свечей также возник сам собою, и спрошенный об этом гаон не знал, на чем он основывается. Народ видел в зажженой свече символ души человеческой, и потому, если свеча гасла среди дня, зажегший ее полагал, что ему суждено умереть в этом году. Этот предрассудок вызывал сильное неудовольствие раввинов, и многие из них стремились совершенно упразднить этот обычай.
    Особенную торжественность приняло богослужение в Йом-Кипур, благодаря облачению молящихся в длинные белые блузы, получившие название "китл". В древнюю эпоху белой одежде в Йом-Кипур придавался характер специального праздничного облачения (Таанит, 26б), в средние века в "китл" усматривали напоминание о саване и дне смерти. Одетый в "китл" и готовый отправиться в синагогу старший член семьи под вечер кануна Йом-Кипура благословлял молодое поколение.
    Вечернее богослужение в Йом-Кипур начиналось с торжественной молитвы "Коль Нидрей", при чем из арон-кодеша старцами вынимались свитки Торы. Чтение "Коль Нидрей" распространено сегодня практически во всех синагогах Востока и Запада. Возникновение его относится к периоду гаонов. По окончании вечерней молитвы многие оставались в синагоге для ночного бдения, когда сообща читали оду ибн-Гебироля и Псалмы. Дневная молитва начиналась рано утром и беспрерывно тянулась в течение всего дня. Наиболее важные моменты в ней это "Абода" - трогательный пиют "О десяти мучениках", всегда вызывавший горячие слезы. Во время Абоды молящиеся трижды падают ниц, и потому пол синагоги в этот день устилается сеном.     Предвечерняя молитва "Неила" заканчивает собой цикл молитв Йом-Кипура, и потому на ней сосредотачивалось особое внимание молящихся. По смыслу она означает момент "замыкания небесных врат", открытых в течение дня для легкого проникновения туда молитв кающихся грешников. Начиная с эпохи гаонов, эта молитва заканчивается одним протяжным звуком шофара. Этот звук - знак окончания поста. Звук, по сказанию Мидраша, раздается в небе на исходе Йом-Кипура и возвращает Израилю прощение грехов и благополучную жизнь в будущем. Молитва завершается семикратным повторением возгласа всей общины: "Господь - Он   Б-г !"