Особый церемониал установлен был для праздника Йом-Кипур при храмовом богослужении. Каждая служба этого дня, все жертвоприношения, осуществлялись исключительно Первосвященником. Другие когены (священники) лишь совершали для него подсобную работу. Святая Святых, которая в остальное время года была закрыта и для Первосвященника, в этот день открывалась для него (Левит, 16, 1, 3). В Йом-Кипур к обычным жертвоприношениям прибавлялись еще специальные, которые приносил сам Первосвященник, что должно было, по-видимому, подчеркнуть высокую цель, которая имелась в виду: очищение священнического сословия и всего народа от греха,  а  также очищение Скинии собрания, жертвенника и прочей священной утвари от случайной ритуальной нечисти.
    В этот день приносилось пятнадцать жертв (не считая козла отпущения, которого не убивают) - два быка, три барана, один козел и девять ягнят. Два ягненка соответствуют ежедневным жертвоприношениям - утреннему и вечернему; семь годовалых ягнят, бык и баран идут на дополнительное праздничное жертвоприношение - мусаф. Кроме быков, баранов и ягнят, приносились хлебные дары и возлияния вина. В дополнение к тому приносился бык в очистительную жертву для искупления Первосвященника, его семьи и когенов, баран за Первосвященника, барашек за народ и один козел в очистительную жертву - итого, еще четыре. И в заключение - козел отпущения, над которым Первосвященник произносил признание грехов от лица всего Израиля. Все жертвы зарезались только Первосвященником. Потом он кропил кровью на внешний жертвенник, золотой жертвенник внутри Храма и на полог ковчега между шестами ковчега Завета. Затем он отделял части для приношения на жертвенник, сжигал их на внешнем жертвеннике, приносил хлебные дары, совершал возлияния. Кроме хлебных даров и возлияний, полагающихся к каждому приносимому в жертву животному, приносились еще два обязательных приношения, которые Первосвященник приносил ежедневно - утром и вечером.
    В книге Левит установлен следующий порядок служения в этот день. Первосвященник, совершив омовение, одевал совершенно белое облачение. Белый цвет должен был символизировать стремление к душевной чистоте и невинности. Затем он приступал к жертвенному ритуалу и приносил установленные жертвы; часть их предназначалась для очищения от грехов Первосвященника и священнического сословия, часть - для очищения от грехов всего народа. За себя он приносил жертву, по-видимому, из личных средств (Флавий, Иудейские Древности, III, 10, 3),  а  за народ - двух козлов, которых ставил "перед Б-гом" (Левит, 16, 6), и метал жребий; тот козел, на которого падал жребий "для Господа", приносился Первосвященником в жертву за весь народ. Затем он набирал полную кадильницу горящих угольев из алтаря, входил с нею в Святая Святых и там клал курево на огонь, что вызывало густое облако дыма. Это естественное "облако курения" имело, по-видимому, своей целью заслонить священное место от человеческих взоров. Всего Первосвященник в этот день совершал воскурения три раза: два раза в соответствии с ежедневными правилами - одно утром и одно вечером, и еще одно особое, дополнительное воскурение, в три раза дольше обычного. Это воскурение приготавливали для Первосвященника с предыдущего дня. Он брал обеими руками полную лопатку курений и наполнял ими золотую ложку. Затем брал ложку в одну руку, другой брал противень с раскаленными угольями из внешнего жертвенника и приносил все это в Святая Святых - место, в которое мог заходить только Первосвященник и только в день Йом-Кипура. Там он помещал противень между шестами ковчега со скрижалями,  а  во Втором Храме, в котором не было ковчега, - на "камень основания" (эвен-а-штия). Взяв кончиками пальцев конец ложки, он высыпал курения себе в ладони большим пальцем; это было исключительно трудным действием. Затем он высыпал курения на уголья, на противень, и ждал, пока все помещение не наполнится дымом, и тогда выходил.
    Первосвященник переодевался в Йом-Кипур пять раз. Перед каждым переодеванием он погружался в микву, специальную ванну для предписанного омовения. Два раза он ополаскивал свои руки и ноги водой из золотого умывальника: один раз - перед тем, как снять старую одежду и один раз - после надевания новой. Сначала он снимал несвященную одежду и одевался в священные золотые одеяния, состоящие из восьми предметов (они перечислены в Торе). Затем он приносил утреннюю ежедневную жертву и утреннее воскурение, зажигал светильник, сжигал голову и ноги жертвы на жертвеннике, приносил хлебный дар и совершал возлияния, производил дополнительные праздничные жертвоприношения (быка и семь ягнят) на внешнем жертвеннике, освящал свои руки и ноги, снимал золотую одежду, погружался в микву, одевался в белую одежду (четыре предмета, также перечисленные в Торе) и снова освящал руки и ноги. Затем приносил быка в очистительную жертву, бросал жребий относительно двух козлов - какой будет принесен в жертву,  а  какой будет отпущен - и повязывал им красные нитки. Затем вносил курения и кровь быка в Святая Святых, где сжигал курения и кропил кровью.
    После совершения искупительной жертвы за народ Первосвященник возлагал обе руки на голову того козла, на которого выпадал жребий с обозначением "ла-Азазель" и исповедывал над ним все грехи народа, после чего козел, нагруженный предполагаемыми грехами народа, передавался нарочному, который уводил его за город и там отпускал в пустыню. По окончании описанной церемонии Первосвященник приступал к совершению остальных установленных в этот день жертв.